L’église paroissiale du village est construite pour la première fois en 1137, à la demande du Pape Innocent II. Elle est rebâtie en 1419, et est rénovée en 1982.
Elle est composée d’une nef centrale et d’une voûte datant de 1772. Au dessus de la porte d’entrée, est placée la statue de Saint Mappalice, le Saint Patron de l’église. Le personnage a bien existé. Mappalice vit à Carthage, il est martyrisé en 250 sous les ordres de l’empereur romain et meurt sous la torture. Saint Cyprien, évêque de Carthage, écrit une lettre aux martyrs dans laquelle il fait l’éloge de Mappalice. A la suite de ce courrier il est victime des bourreaux, succombant aux tortures. On peut se demander comment le nom de Mappalice d’origine carthaginoise fut attribué à l’église de Jonquières au cœur de la Provence. Un document qui témoigne de la visite pastorale de l’évêque d’Orange, précise qu’un culte a été rendu au Saint et que ses reliques ont également été vénérées en l’église de Jonquières.
Le clocher (qui culmine à 76 mètres) est la partie la plus ancienne de l’église il date de la fin du XVème siècle en 1491. Contrairement à l’église, il a conservé son aspect d’ancien Clocher (il n’a jamais été reconstruit). Il surplombe les toits du village. Le Clocher carré est recouvert d’un campanile que l’on voit sur de veilles cartes postales. Ce campanile a été depuis placé sur la toiture de la Mairie lors de sa construction en 1898.
A la demande des Jonquièrois qui sont très attachés à l’image originale de leur clocher, le Clocher ne comporte plus de campanile.